Uit de eerder genoemde voorbeelden van het been en de broccoli spreekt dat zelforganisatie in de natuur hand in hand gaat met centrale besturing of andere vormen van beheersing. Ook in menselijke samenwerking blijkt regie goed samen te gaan met zelforganisatie. De parallel is nog verder door te trekken: zowel in hogere organismen als in menselijke organisaties is centrale besturing een onmisbaar verschijnsel. Zelforganisatie is dus geen alternatief voor centrale besturing, maar een complementair principe, dat synergetisch verbonden is met besturing en beheersing.
Er zijn echter ook verschillen. Waar we in de natuur een geëvolueerde balans zien tussen beide coördinatieprincipes, is in organisaties centrale besturing overheersend.

Zelforganisatie is een onderstroom die we kennen als ‘the invisible hand’, ‘informele organisatie’ of ‘bedrijfscultuur’. Zelforganisatie kan zelfs contraproductief zijn. Bijvoorbeeld in de vorm van ‘leemlagen’ van middenmanagers die stelselmatig vernieuwing frustreren (misschien wel terecht). Ook ‘ongeschreven regels’ kunnen verkeerd uitpakken, bijvoorbeeld als het not done is om kritiek te hebben [3]. Een ander bekend fenomeen is het ‘glazen plafond’ dat het voor vrouwen moeilijk maakt om topposities te bereiken. Synergie tussen centrale besturing en zelforganisatie is in organisaties dus alles behalve vanzelfsprekend.

Bij zelforganisatie in organisaties kom je verder een unieke paradox tegen die in de natuur niet speelt. In menselijke organisaties kunnen managers en medewerkers namelijk de zelforganisatie bewust manipuleren. In bijenvolken, scholen vissen en zelfs in de huidige generatie computersimulaties heb je dat niet. Hierin onderscheiden organisaties zich dus van complex adaptive systems in het algemeen. De vraag is echter, als iemand probeert om zelforganisatie te beïnvloeden, is het dan nog wel zelforganisatie? Wat is zelforganisatie dan precies? Kun je zelforganisatie bewust organiseren? Of is het er alleen als niemand weet dat het er is?